顯微鏡是光學儀器，尤其科研實驗室使用的進口顯微鏡更動不動數萬至數十萬元，也 有公司的銷售人員宣稱他們的一只物鏡比一1輛汽車還要值錢。所以使用時必須小心，有以下一些方面尤其注意。
(1)低倍鏡到高倍鏡觀察低倍鏡頭的工作距離較長，確定好視野后轉動到高倍物鏡鏡時，一定要從側面仔細察看，此時經常因為高倍鏡頭工作距離過小而使鏡頭與載物臺或載玻片撞上，如果用力過猛，非常容易傷害到鏡頭。對于此種操作，可以先降低載物臺，轉換物鏡，再用微調垂直調整焦距。
(2)油鏡觀察油鏡的工作距離很短，一般在0.2mm以內，因此使用油浸物鏡時要特別小心，一定要使用微調調焦，否則非常容易一個不小心將載玻片壓碎。將片子壓碎倒是沒有什么大問題，可是玻璃碴損害到物鏡你就慘了！
(3)非油鏡觀察油鏡因為在設計上考慮到油，所以密封都比較嚴密；但是對于不是油鏡的物鏡密閉程度就沒那么好了。所以使用完油鏡，改用其它物鏡的時候，物鏡很容易碰到玻片上的油，尤其是跟油鏡相鄰的高倍鏡頭，比如40倍。物鏡進油是很麻煩的，幾乎無法處理。即使返廠，也是把物鏡整個拆開，重新清潔。公司可能要跟你收一只新物鏡的費用啊！
(4)清潔用脫脂棉簽蘸乙醚酒精混合液(7：3)在鏡頭圓心從內到外劃圈。注意：棉花要纏好，千萬不要讓硬的簽兒觸到鏡頭表面；棉花用過一次就換新的，防止小沙粒劃破鏡頭表面鍍膜；擦鏡頭的原則是：寧可擦不干凈，也不要擦壞；實在不行還可以找公司的人來擦嘛！
